Las facciones en WARFRAME son las civilizaciones y grupos que luchan por la supremacía en el sistema solar; su conflicto es el telón de fondo de las misiones del juego. Debido a que nada en el juego indica un origen extraño de ninguna facción, se supone que todos son humanos, trans-humanos o creados por seres humanos.
La única facción jugable en el juego son los Tenno. Otras facciones como la Grineer, el Corpus, la Infestación, los Consciente, la Orokin y Stalker se presentan como adversarios, mientras que Sindicatos y la Neutral son en su mayoría neutros, pero pueden actuar como aliados o enemigos del Tenno.
Los Tenno son guerreros olvidados, descendientes de una civilización antigua y mística de la era Orokin en la Tierra. Preservados en cápsulas criogénicas, los Tenno ahora han despertado para una nueva guerra, luchando y resistiendo contra las facciones beligerantes como los únicos portadores de los Warframes creados por Orokin. Aunque los recuerdos de los Tenno se han desvanecido con el tiempo, su dominio de las armas de fuego, espadas y armadura exterior Warframe aún está vivo.
Fragmentos de la historia sugieren que la disciplina y caballerosidad son los valores fundamentales de los Tenno: ¿esto seguirá siendo verdad? Los Tenno están emergiendo en un mundo que no les resulta familiar. Uno ve un noble guerrero adquiriendo fuerza contra un régimen opresivo. Otro ve un mercenario oportunista explotando la superioridad de Warframe en busca de riqueza. Sin importar su futuro, los Tenno permanecen unidos contra el enemigo común, siendo leales sólo entre ellos.
Siendo vastos en cantidad, los Grineer han extendido su vil imperio desde la Tierra hacia todos los sectores del sistema solar. Una vez que los Grinner redescubrieron la tecnología de clonación, tomaron control de la Tierra gracias a su gran número.
Aunque puede que ellos estén en la cumbre del poder, el ejército Grinner está físicamente en decadencia y sus características son cada vez más primitivas como resultado de la continua clonación. Por ello, los Grinner son forzados a utilizar la tecnología como un puntal para su deterioro genético. Una ideología de odio y discriminación contra los Tenno sigue guiando a los Grinner a una inevitable disolución.
Los Corpus dominan la proto-corporación de humanos que mantienen y operan las rutas comerciales de Solar Rails. Son raramente vistos por otros y son mejores conocidos por sus robots representantes que están a su servicio. Se dice que la estructura social de los Corpus refleja las antiguas asociaciones mercantiles de la Antigua Tierra. Sus métodos de producción combinan tecnología y ritual, en parte porque los antiguos materiales Orokin que utilizan les son inescrutables. Controlan toda la cadena de suministro de bienes que fluye a través del sistema solar.
Los Corpus ven a los artefactos Orokin como un recurso a ser explotado para obtener ganancias sea cual sea el costo.
La Infestación es una fuerza invasora que consiste en bestias creadas por un virus sintiente que todo lo consume, transformando a las otras facciones del juego en criaturas horribles. La mayoría de los enemigos de la Infestación parecen ser Tripulantes Corpus o Lanceros Grineer, sin embargo, también se especula que se originan a partir de experimentos fallidos Tenno, insinuado por J3-Golem preguntando a un Tenno, "Por que nos destruyes? Somos tu carne," sin embargo, también se han insinuado por varias referencias a un "Virus Technocyte" en algunas misiones. La mayoría de enemigos de la Infestación no tienen ninguna capacidad significativa de combate a distancia.
Los Orokin son una raza precursora que reinó sobre el sistema solar por un período de tiempo. Durante lo que se conoció como la Orokin Época, construyeron obras maestras tecnológicas que rivalizan con la tecnología de hoy en día. Durante la guerra con lo que se conoce como los "Sintientes" los Orokin crearon el Virus Technocyte como una manera de luchar contra ellos. Muy poca información se mantiene en lo que sus objetivos pueden haber sido. Aunque se asume que los Orokin se fueron, su tecnología permanece, incluyendo la IA avanzada que captura a los intrusos que entran en sus torres, convirtiéndolos en esclavos para la defensa de la torre a través de los cascos de control mental. Simplemente se les llama colectivamente, los Corruptos.
Estos son encuentros al azar y por lo general de alto nivel (30-70). El Stalker habilidades preexistentes de otros Warframes: Corte Fugaz Excalibur, Shuriken y Teletransportación de Ash. Es capaz de sacar jugadores de bajo nivel sin demasiados problemas e incluso puede resultar problemático para grupos, aunque por lo general sólo se dirige a un jugador hasta que ese jugador está muerto, y luego se va. Ha habido encuentros ocasionales con Stalkers de nivel 1.
Los sindicatos son grupos de interés que operan en todo el Sistema de Origen, separados del Corpus , Grineer y el Tenno. Estos grupos tienen sus propias ideologías y metas con respecto al destino del sistema, con algunos inevitablemente en desacuerdo con al menos otro sindicato, aunque existen alianzas entre dichos sindicatos. Los sindicatos son : Árbitros de Hexis , Nueva Loka , Velo Rojo , Cefalón Suda , Meridiano de Acero y La secuencia de Perrin